De 1994 à 2002, parallèlement à son travail d’architecte, Jean-Jacques Oberson enseigne à l’Ecole polytechnique fédérale de Lausanne puis à l’Institut d’architecture de l’Université de Genève. Son enseignement porte sur la sauvegarde, les arts appliqués, l’aménagement du territoire et le paysage, l’architecture et les arts appliqués dans le domaine de la santé. Ses principales réalisations en architecture se situent dans le canton de Genève. De 1999 à 2005, il agrandit et transforme le foyer et l’école Clair-Bois à Chambésy. De 1993 à 1999, il réalise l’extension de l’Union internationale des télécommunications à Genève, UIT Montbrillant et, de 1973 à 1997, un ensemble socioculturel et d’habitation pour la Ville de Genève « Pâquis-Centre » (école, salles de gymnastique, de quartier, logements etc.). Il gagne le concours pour la plate-forme douanière de Bardonnex à Genève pour l’Office des constructions fédérales. Il l‘exécutera par la suite. De 1986 à 1989, il participe au concours, projet et réalisation du bâtiment administratif, centre mondial pour la firme Firmenich SA à Satigny-Genève. En urbanisme et aménagement, de 1975 à 2006, ses principales études portent sur l’aménagement de quartiers (Pâquis-Centre, Meyrin-Cité, Saint-Jean : couverture des voies CFF, site industriel de Sécheron, Praille-Bachet à Genève, les Marbriers-Lancy, Grand-Collomb-Battelle, Pommier au Grand-Saconnex, ville de Lucerne), sur l’aménagement de zones de développement (Tivoli à Serrières/Neuchâtel). En 2005, il réalise une importante étude de faisabilité de la station autoroutière de ravitaillement de Bardonnex/Genève.